1. 決議機関

第58回定期全国大会は、組合発祥の地神戸で開催された。(1997年11月11日~3日間)
決議機関には、全国大会・全国評議会・各部全国委員会・各部委員会・組合員大会・中央執行委員会があります。
そして、例えば、全国大会は年1回、全国委員を構成員に、原則として10月もしくは11月に定期的に開催すること、全国大会は、本組合の最高の機関であって、その決定は組合の全組織を拘束することなど、それぞれの決議機関の任務と権限、構成と出席者、運営方法などが規約・規則で定められています。
2. 執行機関
組合員は、世界の七つの海やわが国周辺海域を航海する船員、漁業に従事する船員、国内・外の物流拠点である港湾で働く船員、それらの各分野で働く船員以外の労働者によって組織する産業別単一労働組合です。また、組合員は日本居住者が原則ですが、最近のグローバル化のなかで日本人船員と一緒に働く外国人船員が増えてきました。そのため日本に居住しない外国人船員たちを「非居住特別組合員」と位置づけて、海員組合が労働条件の改善や協約の締結、苦情処理などの活動を行っています。そこで海員組合は、こうした組織状況にふさわしい特徴ある執行機関を整備し、日々活動を行っています。
執行機関には、常任役員で構成する中央執行委員会の下に、組合が採用する執行部員で構成する「本部機構」と「支部機関」があります。また、業務遂行のために必要な各種の専門委員会を設け、中央執行委員会からの諮問事項を審議・処理するなどの任にあたります。

「組合は今年のベースアップが決まりましたが、皆さんはどうですか」乗組員に組合の妥協結果を説明する執行部員。組合未加入の船員にとっても、組合の妥結結果は最大の関心事だ
3. 組織の統制
組合組織が規約を遵守して団結を維持し、社会的名誉を守るため、規約に組織の統制の関する諸規定を明らかにして対処しています。このため、決議機関・執行機関から独立した統制委員会を設置しています。統制委員会は、全国大会で選出された13名の統制委員によって構成されています。
- 【中央執行委員会】
- 中央執行委員会は、常任役員8名で構成し毎月2回定例で開催されます。決議機関の諸決定事項の具体的な執行や組合の日常活動について必要な決定を行い、組合長の指揮のもとで執行機関を指導監督します。また中央執行委員会は、大会方針案を発議するとともに、組合従業員の人事に関する事項をはじめ、組織全般の統制に責任を負っています。
- 【全国委員】
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全国委員は、2年を任期に組合員の直接選挙で選出される代議員で、全国大会など会議に出席するほか、乗り組む船舶の船内組合活動について、積極的な役割を努めることなどが規約で定められている。
- 【外国人船員】
- 近年、外国航路の船舶および遠洋マグロ船などの職場では、日本人船員と非居住の外国人船員が一緒に乗り組みチームを作って仕事をするケースがとても増えました。これら船舶を「混乗船」と呼称して、日本人船員だけで運航する船舶と区別しています。
- 【執行部員】
- 海員組合に勤務する執行部員は、全員とも組合が採用した専従者(そのほとんどは船員出身者です)で、給与・ボーナスなどすべて、組合員から徴収した組合費によって賄われています。執行部員は、3年任期で勤務し、終了後に所属する企業に復帰する在籍専従者を除き、企業との雇用関係を持つことが禁じられています。また、執行部員は、「配置された組合機関において、全勤務時間を組合活動のために使うとともに、必要に応じ、いつでも組合の業務に服すること」など、厳しい自覚と責任を負っています。これら執行部員は本部・全国の支部に配置されており、執行活動の補佐をする事務職員を採用して任に当たっています。
- 【専門委員会】
- 専門委員会には、常設の委員会として外航雇用対策委員会・沿海港湾雇用対策委員会・各部の労働協約改定専門委員会・法規福祉対策委員会・教宣委員会・財務委員会などがあり、この他、課題毎に(例えば規約改正検討委員会といった)設置される専門委員会もあります。これら専門委員会は通常、現場代表として在陸して組合活動に当る各社の職場委員と執行部員の半々で委員会を構成します。