1. 決議機関
決議機関には、全国大会・全国評議会・各部全国委員会・各部委員会・組合員大会・中央執行委員会があります。
そして、例えば、全国大会は年1回、全国委員を構成員に、原則として10月もしくは11月に定期的に開催すること、全国大会は、本組合の最高の機関であって、その決定は組合の全組織を拘束することなど、それぞれの決議機関の任務と権限、構成と出席者、運営方法などが規約・規則で定められています。

第58回定期全国大会は、組合発祥の地神戸で開催された。(1997年11月11日~3日間)
2. 執行機関
組合員は、世界の七つの海やわが国周辺海域を航海する船員、漁業に従事する船員、国内・外の物流拠点である港湾で働く船員、それらの各分野で働く船員以外の労働者によって組織する産業別単一労働組合です。また、組合員は日本居住者が原則ですが、最近のグローバル化のなかで日本人船員と一緒に働く外国人船員が増えてきました。そのため日本に居住しない外国人船員たちを「非居住特別組合員」と位置づけて、海員組合が労働条件の改善や協約の締結、苦情処理などの活動を行っています。そこで海員組合は、こうした組織状況にふさわしい特徴ある執行機関を整備し、日々活動を行っています。
執行機関には、常任役員で構成する中央執行委員会の下に、組合が採用する執行部員で構成する「本部機構」と「支部機関」があります。また、業務遂行のために必要な各種の専門委員会を設け、中央執行委員会からの諮問事項を審議・処理するなどの任にあたります。

「組合は今年のベースアップが決まりましたが、皆さんはどうですか」
乗組員に組合の妥協結果を説明する執行部員。組合未加入の船員にとっても、組合の妥結結果は最大の関心事だ